肠道菌群群落结构和定量检测
肠道菌群即肠道中的微生物，它们参与了人或动物生长、发育和衰老的整个生命过程，对个体的健康至关重要。许多研究已经表明，正常的肠道菌群不仅能够起到良好的营养作用，还可以使机体免受病原菌的入侵，更重要的是肠道菌群与机体的代谢、免疫、疾病等关系密切相关。很多研究结果都确切表明肠道微生物和多种疾病发病直接相关，比如癌症、肥胖、神经变性疾病等。
检测技术
目前肠道菌群成为学术界、医学界、健康管理市场讨论比较多的话题，随着分子生物学技术的发展，肠道菌群结构检测也变得比较成熟，常用的方法有以下两种：
16S rDNA扩增子测序
由于肠道微生物中细菌较多，利用二代高通量测序技术来检测16S rDNA成为检测肠道菌群结构常用的技术之一。通过16S rDNA扩增子测序，可以得到样本中细菌的种类和相对丰度。
荧光定量PCR
可以检测样本中某一类或某种菌的绝对定量。
想了解具体检测内容，可以点击技术或者咨询客服QQ。
检测所需样本
人：一般采集粪便样本，样本一般需要1g/样本，最少不低于0.2g/样本；
动物：可采集粪便样本或者肠道内容物，一般需要1g/样本，最少不低于0.2g/样本；由于不同位置的肠道菌群不一样，建议对于不同个体，建议采集同一部位的样本，如结肠或盲肠。
DNA：也可提供抽提好的DNA，DNA总量≥100ng，浓度≥10ng/μL，OD260/280=1.8-2.0，并确保DNA无降解。
以上样本均放入-20或-80冰箱进行保存，运输时请采用干冰进行运输。
采样、保存、运输方法
正确的样本采集和保存方法是保证实验顺利进行的重用前提条件。人、小鼠、大鼠的采样方法不同，具体采样保存方法，可以点击相应的链接。
人粪便样本采集方法
小鼠样本采集方法
大鼠样本采集方法
16S rDNA扩增子检测流程
DNA抽提
对粪便、肠道内容物等样本采用专门的试剂盒进行DNA抽提，并质控。
PCR扩增
利用特异性引物对目的基因16S的双V区进行扩增，一般推荐V3-V4，或V4-V5区。
文库构建
将测序所需的接头barcode (index)、测序引物和barcode (index)添加到目的基因的两侧，构建文库。
高通量测序
将构建好的文库，放到illumina平台上进行双端测序。
生信统计分析
测序完成后，得到样本的原始序列数据。利用mothur、QIIME、R语言对序列进行生物信息分析和统计学分析。具体分析内容如果图所示。
最后，在文章投稿前，需要将样本的原始序列上传到NCBI的SRA数据库，在文章中是需要将SRA号进行标出的。
需要上传教程的可以参考《NCBI上传教程》。
荧光定量PCR检测流程
DNA抽提
对粪便、肠道内容物等样本采用专门的试剂盒进行DNA抽提，并质控。
特异性引物确定
确定特定菌的特异性引物，一般推荐文献中常用的特异性引物。
标准质粒构建
将目的基因导入大肠杆菌中，养菌并提取质粒，测定质粒浓度并对质粒拷贝数进行计算。
标准曲线构建
将质粒DNA进行10倍梯度稀释制作标准样本，与待测样本一起进行荧光定量PCR检测，得出标准质粒的拷贝数和Ct值，制作标准曲线。
荧光定量检测和计算
对待测样本进行荧光定量PCR检测，根据标准曲线计算样本中特定基因的拷贝数。一般一个样本建议做3个平行。
