细菌16S rDNA检测

原核生物的rRNA分三类:5S rRNA(120bp)、16S rRNA(约1540bp)和23S rRNA(约2900bp)。
5S rRNA基因序列较短,包含的遗传信息较少,不适于细菌种类的分析鉴定;
23S rRNA基因的序列太长,且其碱基的突变率较高,不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类;
16S rRNA几乎存在于所有的原核细胞中,且含量较高、拷贝数较多(占细菌RNA总量的80%以上),便于获取模板,功能同源性高,遗传信息量适中,适于作为细菌多样性分析的标准。

16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。

16S-

目前,细菌多样性检测项目,大多都是利用二代高通量平台检测16S rDNA某一片段,之后再与细菌数据库进行比对,从而测出样本中微生物分类、物种相对丰度、群落结构特征、以及组内、组间差异。

可检测的样本类型

环境样本:土壤、水体、空气、活性淤泥、根系、叶片、植物体等
人体样本:粪便、唾液、皮肤、生殖道、组织等
动物样本:粪便、内容物、组织等
更多信息请查阅“16S rDNA检测送样要求”

技术路线

technology line for 16S

数据分析内容

生物信息分析内容
基础分析 常规分析 高级分析
有效序列统计 热图 相关性分析
稀释性曲线 Venn图 网络图分析
OTU聚类注释格 PCA分析 Picurst功能预测
α多样性指数 PCoA分析
物种信息汇总表 RDA/CCA分析
物种柱状图 LefSe分析
热图 组间差异分析

 
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