微生物多样性检测
微生物多样性检测主要指通过一定的检测方法，获得样本中微生物群落的结构以及它们的种类和相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。
目前文献中常用的微生物多样性检测方法主要有4种，分别为基于二代高通量的测序检测、传统的培养鉴定法、Biolog Eco生态板检测法和磷脂脂肪酸PLFA法。
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二代高通量测序方法
二代高通量测序检测是通过检测样本中特定微生物的DNA片段，通过与数据库比对，得到微生物的种类和相对丰度。目前该技术提供的服务主要分为扩增子检测和宏基因组检测。其中扩增子检测主要是针对某一类型或具有某一功能的微生物进行检测，如细菌(16S rDNA)、真菌(ITS)、真核微生物(18S rDNA)、功能基因(参与碳循环功能、氮循环、硫循环功能的特殊基因)。宏基因组主要是检测样本中全部微生物，其结果包含细菌、真菌、古菌、真核微生物、病毒等。目前在微生物多样性检测中，该方法用的是比较多的。
传统培养法
由于不同的微生物其生长环境和所需的培养基不同，通过特定培养基、利用平板稀释法来测定样本菌的数量。一般常测的微生物有细菌、真菌、放线菌，也可以培养某些指定的培养基上的微生物。
Biolog Eco生态板检测
Biolog Eco生态板检测主要是根据微生物对不同碳源的利用差异来表征其生理特性，从而反映微生物的种类及群落特征，该方法操作简单、反应快速，且获得的数据非常丰富。
磷脂脂肪酸PLFA法
磷脂脂肪酸PLFA法主要是通过检测样本中微生物中总的磷脂，获得活跃生命状态的微生物磷脂图谱，进而分析样品的微生物群落组成和丰度特征。该方法已经广泛运用于各类检验机构和科研机构，作为全球通用微生物鉴定的标准方法之一被各个国家的海关，医院，疾控，商检及行业检测机构认证。
