荧光定量PCR

荧光定量PCR是一种新的定量实验技术,通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,结合相应的软件对产物进行分析,计算待测样品的初始模版的初始拷贝数。

与传统PCR技术相比,荧光定量PCR技术不仅可以定性,而且还可以快速检测某种特定基因的量,目前已成为国际公认的核酸分子定量的标准方法,目前在该方法已在研究和临床疾病检测等领域已得到广泛应用,目前常用SYBR Green法或者 Taqman 法对 DNA/RNA 进行定量测定。

qpcr

SYBR Green荧光染料法:适用于任何DNA,无需设计探针,采取双标准曲线法,实验周期短,结果重复性好,灵敏度高,费用低。

TaqMan荧光探针法:采用探针,该方法对目标基因有高特异性,实验重复性好,相对于SYBR Green法,灵敏度更高,费用更高。

服务内容

检测类型 检测基因 服务周期
1 细菌 16S 15个工作日
2 真菌 ITS 15个工作日
3 真核微生物 18S 15个工作日
4 功能菌 特定基因 15个工作日
5 抗生素抗性基因 特定基因 15个工作日

某类菌的定量可以定量检测土壤、粪便、水等样本中细菌、真菌、真核微生物等某类微生物的量。
功能菌的定量功能菌指具有一定功能的微生物,包括参与碳循环、氮循环、硫循环等微生物,利用荧光定量PCR可以定量检测土壤、淤泥等样本中某种功能微生物的量,如固氮微生物中固氮菌的单位拷贝数。常检测的功能菌及其功能基因,请参照《功能基因和功能微生物列表》。
抗生素抗性基因的定量抗生素抗性基因是指对某类抗生素具有抗性的基因,通过荧光定量PCR技术,可以定量检测土壤、食品、水样等某种抗性基因的单位拷贝数,如tetA、tetB、sul等。目前经常检测的抗生素抗性基因,请参照《抗生素抗性基因列表》。

技术路线

QPCR

样本类型

环境样本:土壤、沉积物、水体、空气、活性淤泥、根系等
人体样本:粪便、唾液、皮肤、生殖道、组织等
动物样本:粪便、内容物、组织、虾等

小提示

荧光定量PCR检测可以得到样本中如细菌的总的量;
二代高通量测序技术,可以得到样本中如细菌的种类和相对丰度;
荧光定量PCR与二代高通量技术结合起来,可以间接得到样本中不同分类水平细菌的绝对含量。

参考文献

Assessing soil bacterial community and dynamics by integrated high-throughput absolute abundance quantification. PeerJ. 2018.


 
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