荧光定量PCR
荧光定量PCR是一种新的定量实验技术,通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,结合相应的软件对产物进行分析,计算待测样品的初始模版的初始拷贝数。
与传统PCR技术相比,荧光定量PCR技术不仅可以定性,而且还可以快速检测某种特定基因的量,目前已成为国际公认的核酸分子定量的标准方法,目前在该方法已在研究和临床疾病检测等领域已得到广泛应用,目前常用SYBR Green法或者 Taqman 法对 DNA/RNA 进行定量测定。

SYBR Green荧光染料法:适用于任何DNA,无需设计探针,采取双标准曲线法,实验周期短,结果重复性好,灵敏度高,费用低。
TaqMan荧光探针法:采用探针,该方法对目标基因有高特异性,实验重复性好,相对于SYBR Green法,灵敏度更高,费用更高。
服务内容
检测类型 | 检测基因 | 服务周期 | |
---|---|---|---|
1 | 细菌 | 16S | 15个工作日 |
2 | 真菌 | ITS | 15个工作日 |
3 | 真核微生物 | 18S | 15个工作日 |
4 | 功能菌 | 特定基因 | 15个工作日 |
5 | 抗生素抗性基因 | 特定基因 | 15个工作日 |
某类菌的定量:可以定量检测土壤、粪便、水等样本中细菌、真菌、真核微生物等某类微生物的量。
功能菌的定量:功能菌指具有一定功能的微生物,包括参与碳循环、氮循环、硫循环等微生物,利用荧光定量PCR可以定量检测土壤、淤泥等样本中某种功能微生物的量,如固氮微生物中固氮菌的单位拷贝数。常检测的功能菌及其功能基因,请参照《功能基因和功能微生物列表》。
抗生素抗性基因的定量:抗生素抗性基因是指对某类抗生素具有抗性的基因,通过荧光定量PCR技术,可以定量检测土壤、食品、水样等某种抗性基因的单位拷贝数,如tetA、tetB、sul等。目前经常检测的抗生素抗性基因,请参照《抗生素抗性基因列表》。
技术路线

样本类型
环境样本:土壤、沉积物、水体、空气、活性淤泥、根系等
人体样本:粪便、唾液、皮肤、生殖道、组织等
动物样本:粪便、内容物、组织、虾等
小提示
荧光定量PCR检测可以得到样本中如细菌的总的量;
二代高通量测序技术,可以得到样本中如细菌的种类和相对丰度;
荧光定量PCR与二代高通量技术结合起来,可以间接得到样本中不同分类水平细菌的绝对含量。
参考文献
Assessing soil bacterial community and dynamics by integrated high-throughput absolute abundance quantification. PeerJ. 2018.